Acteurs de l’agroalimentaire, différents contextes peuvent vous amener à solliciter nos services d’identification et caractérisation de microorganismes :
- Défaut produit (gonflement, coloration anormale, …) et besoin de connaître l’agent responsable,
- Colonie suspecte ou difficulté de confirmation au niveau de vos laboratoires internes,
- Problématique avec une souche selon une prévalence importante sur un produit ou un environnement précis et nécessité de comprendre les sources (source tracking),
- …
Le Silliker Food Science Center propose un ensemble de techniques visant à répondre à différentes problématiques de qualité et sécurité des aliments :
- Identification de contaminants bactériens ou fongiques,
- Caractérisation ou typage d’isolats microbiens pathogènes (Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Cronobacter spp., Bacillus cereus, Escherichia coli…), microorganismes d’altération…
Identification
Nos laboratoires en France effectuent habituellement les identifications de contaminants microbiologiques proposées par technique MALDI-TOF.
Nous conduisons les essais à partir de colonies isolées ou de matrices alimentaires. Sur celles-ci, nous effectuons des analyses pour isoler les souches d’intérêt avant de les soumettre à la technique d’identification.
Caractérisation d’isolats microbiens
Les contrôles des environnements de production, des matières premières, des produits semi-finis, des produits finis, peuvent mettre en évidence la présence de microorganismes pathogènes (Salmonella, Listeria monocytogenes…). Cette contamination peut être ponctuelle ou mettre en évidence des souches persistantes. Ces dernières peuvent être très localisées ou bien largement dispersées dans les environnements de production.
En outre, il est aujourd’hui admis que de disposer d’une cartographie précise des souches du pathogène permet d’identifier avec efficacité les niches écologiques et les flux de contamination.
Avec les informations issues de la caractérisation des isolats, les actions de nettoyage et de désinfection et les plans de contrôle renforcés sont mieux ciblés et donc plus efficaces, les critères de sélection des approvisionnements des matières premières plus efficients, etc….
Le séquençage du génome entier également (WGS) est un outil analytique de détermination de la séquence complète de l’ADN du génome d’un microorganisme.
Le séquençage de génome complet répond à des problématiques cruciales pour les acteurs de l’agro-alimentaire
- Comparaison génomique,
- Recherche de gènes de virulence, adaptabilité, résistance...
- Compréhension des phénomènes expliquant les contextes de souches résidentes dans les environnements,
- Compréhension des phénomènes de circulation des souches et de contamination.
