Le séquençage du génome entier (WGS) fournit l'aperçu le plus complet d'une souche bactérienne. La composition du génome peut être analysée à l'aide de techniques d'identification de variants WGS telles que Single Nucleotide Polymorphisms (SNP / wgSNP) ou génome entier (wgMLST), le virulome, le resistome et l'antibiorésistome.

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wgMLST utilise les données WGS (assemblées ou non) pour compléter l'analyse MLST sur une échelle de génome extense. Pour chaque échantillon, la présence du locus est analysée et, lorsqu'elle est présente, les allèles sont déterminés. Pour chaque locus, de nouvelles séquences sont attribuées aux nouveaux numéros d'allèles consécutifs. wgMLST est progressivement conseillé à des fins de sous-typage à n'importe quel niveau taxonomique. Les données de typage de séquence MultiLocus fournissent un pouvoir discriminant proche de l'ultime pour différencier les souches bactériennes isolées.

Les pipelines bioinformatiques wgSNP détectent les variantes SNP en mappant les lectures WGS sur une séquence de référence. Il a également été démontré que cette approche convient au génotypage des souches bactériennes et au typage des souches.

En outre WGS donnerait l'occasion de données génomiques réalisables pour prédire l'ensemble des gènes qui contribuent à la virulence d'une bactérie, même pour la carte résistome et antibiorésistome de la bactérie.

Le WGS bactérien est très prometteur pour l'amélioration des diagnostics pathogènes, ainsi que pour l'exploration des souches industrielles, agricoles et environnementales. Une variété d'applications comprenant la génomique comparative (c'est-à-dire les différenciations entre les souches, le typage des souches) peut être évaluée par WGS.

WGS a grandement transformé le domaine de l'épidémiologie et est particulièrement utile pour enquêter sur les épidémies de maladies d'origine alimentaire. Le système WGS permet de différencier les souches d'agents pathogènes d'origine alimentaire d'une éclosion et d'une autre en étudiant leur génome microbien. Il a été confirmé que la souche typographique des agents pathogènes d'origine alimentaire par WGS donne une résolution supérieure aux méthodes de sous-typage existantes telles que l'électrophorèse sur gel en champ pulsé (PFGE). WGS est maintenant utilisé comme une méthode par la FDA et le CDC aux États-Unis pour caractériser les isolats alimentaires et cliniques de Salmonella et de Listeria monocytogenes.

Les chaînes agroalimentaires sont de plus en plus intéressées par ces techniques pour identifier parfaitement la source de contamination et évaluer les risques associés à la contamination des bactéries.

De la souche isolée au rapport final

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Les installations de séquençage NGS de Mérieux NutriSciences apportent une solution globale à nos clients, de la matière première à l'analyse finale.

  • Extraction d'ADN à partir de souches isolées
  • Construction de la bibliothèque
  • Séquençage sur le système Illumina® MiSeq®
  • Analyse bioinformatique des données de séquençage (pipeline bioinformatique avec utilisation des applications Applied Maths / Bionumerics, une société bioMérieux)
  • Un rapport scientifique détaillé comprenant des tableaux et des graphiques qui résument l'information sur les différents échantillons et un résumé complet de la méthode.

Les normes de qualité appliquées aux services de séquençage sont entièrement conformes aux normes ISO 9001 et aux recommandations d'experts professionnels.

Notre réseau issu des laboratoires experts du Food Science Center (Food scientists, experts biomoléculaires, bioinformaticiens) accompagne vos projets et vos tests de la conception de l'étude au rapport final. Tout est adapté à vos besoins, de la technique biomoléculaire spécifique au pipeline bioinformatique et au stockage de données. Mérieux NutriSciences propose des analyses et des recommandations d'experts pour ajouter de la valeur aux résultats de séquençage complexes pour une application pratique et une amélioration de la sécurité et de la qualité des aliments.

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