L'identification des sources potentielles de contamination microbienne est essentielle pour prévenir sa propagation dans l'environnement de transformation des aliments. Mérieux NutriSciences propose le séquençage de l'ADN comme une approche permettant d'identifier des organismes pathogènes et d'altération inconnus.

merieux_nutrisciences_contract_research_identificazione_microbica.png

Les services d'identification microbienne de Mérieux NutriSciences vous fourniront un nom d'organisme, ce qui peut vous aider à comprendre les prochaines étapes à suivre dans votre usine. Cela aidera à compenser les pertes économiques en mettant en évidence des organismes alimentaires insaisissables et aidera à réduire les incidences coûteuses de contamination.

Identification bactérienne par l'ARNr 16S

Une méthode courante pour identifier les souches bactériennes consiste à analyser la séquence du gène codant pour l'ARN ribosomique 16S (ARNr 16S). Le séquençage du gène de l'ARNr 16S est un outil standard pour les études phylogénétiques et taxonomiques bactériennes en raison de la conservation de ce gène parmi différentes espèces de bactéries.

Le service basé sur le séquençage de l'ADNr 16S MicroSQ® 500 bp permet l'amplification et le séquençage de 500 paires de bases du gène de l'ARNr 16S, qui peuvent ensuite être comparées à la bibliothèque MicroSEQ® 16S rDNA 500 pour obtenir une correspondance d'identité.

La bibliothèque d'ADNr MicroSEQ® 16S validée contient plus de 2000 espèces bactériennes.

D'ici 2017, une nouvelle banque bactérienne validée in silico avec plus de 10 000 espèces sera mise à la disposition des clients.

Identification des levures et moisissures par région ITS2

Le séquençage de la région ITS2 présente le même potentiel pour l'identification des levures et de plusieurs champignons filamenteux, dont plusieurs espèces d'Aspergillus, de Zygomycètes et de dermatophytes.

Le service de séquençage fongique de l'ADNr de MicroSEQ D2 est basé sur l'analyse phylogénétique de la région D2 de la séquence du gène de l'ARN ribosomique de grande sous-unité. La bibliothèque validée MicroSeq D2 rDNA Fungal contient environ 1200 espèces.

Pour les services d'identification bactérienne et fongique, les bibliothèques personnalisables offrent la possibilité de créer des bibliothèques ciblées contenant les microorganismes les plus fréquemment rencontrés, spécifiques à vos matrices d'échantillons et à votre environnement de production alimentaire.

Identification MALDI-TOF

Mérieux NutriSciences propose également une identification bactérienne par MALDI-TOF (Ionisation par désorption laser assistée par matrice - Temps de vol), une alternative protéotypique très précise, robuste et rapide à nos services de séquençage de l'ADN. La technologie MALDI-TOF MS mesure les protéines très abondantes que l'on trouve dans toutes les bactéries. Ces profils protéiques sont utilisés pour identifier de manière fiable et précise un micro-organisme particulier jusqu'au niveau de l'espèce en faisant correspondre le motif respectif avec une base de données ouverte étendue.

Mérieux NutriSciences fournit une identification complète MALDI-TOF en utilisant deux systèmes. La base de données Bruker Daltonics-Biotyper contient plus de 2 600 espèces différentes, dont plus de 2 000 espèces bactériennes et la base de données Vitek-MS -Saramis de Biomérieux contient plus de 770 espèces différentes, dont 465 espèces bactériennes.

La possibilité de créer des bibliothèques personnalisées est également une possibilité.

Sous-typage moléculaire

Notre analyse de sous-typage moléculaire pour le suivi des sources de contamination microbienne pathogène peut être utilisée pour aider à identifier les zones à problèmes dans votre usine. Mérieux NutriSciences propose l'analyse RiboPrinter pour vos besoins de discrimination des souches (début automne 2017). Le système RiboPrinter® est un système de ribotypage automatisé qui génère un motif RiboPrint ™ à partir de l'ADN ribosomique (régions 16S, 23S, 5S et flanquantes) du génome. Un avantage de cette technologie est la possibilité de créer des empreintes microbiennes sans identification d'espèce pour permettre une comparaison contrainte-déformation. RiboPrinter®, combiné à la puissance du logiciel BioNumerics de Applied Maths, fournit un outil robuste pour la discrimination des sous-espèces.

WGS

Pour la caractérisation complète des souches, Mérieux NutriSciences propose une analyse du séquençage du génome entier (WGS).

merieux_nutrisciences_wgs_how_it_works.jpg

Le séquençage du génome entier (WGS) détermine la séquence d'ADN complète d'un organisme et peut fournir des détails complets sur les organismes : gènes, plasmides, facteurs de virulence, sérotype et gènes de résistance (p. Ex. Résistance aux antibiotiques, résistance aux métaux lourds , résistance au stress). Le séquençage des génomes comme l'analyse WGS examine les différences au niveau des nucléotides pour déterminer ce qui est différent entre les souches de la même espèce ou du même genre; cette information peut être utilisée pour générer des arbres phylogénétiques et déterminer les relations entre les souches (typage des souches). Les génomes peuvent être assemblés de façon novo (séquençage de novo), ce qui permet une construction non biaisée du génome. Avec la séquence complète du génome des bactéries, le niveau le plus profond de la caractérisation des souches est disponible.

Nos services d'identification microbienne et de sous-typage / typage des souches vous permettent:

  • Comparer les souches provenant d'emplacements différents
  • Comparer les isolats environnementaux ou les isolats d'ingrédients aux isolats de produits finis
  • Identifier les niches microbiennes

En savoir plus sur nos solutions spécifiques comme le Whole Genome Sequencing (WGS)

Nos tests et services les plus courants

Porte feuille de solutions digitales

My MXNS, Enviromap, QualMap...

Découvrez notre portefeuille complet de Solutions Digitales proposées par Mérieux NutriSciences 

Latest News
30 Avril 2021
Actualités locales
Pour accompagner les établissements à rouvrir leurs portes au public, Mérieux NutriSciences a mis en place un Plan de Réouveture.  Ce plan  intervient sur l’ensemble des facteurs à risque :...
1 Avr
2021
30 Avril 2021
Actualités locales
Pour accompagner les établissements à rouvrir leurs portes au public, Mérieux NutriSciences a mis en place un Plan de Réouveture.  Ce plan  intervient sur l’ensemble des facteurs à risque :...
1 Avr
2021