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Plate-forme NGS microbiote - Biofortis

Une des découvertes majeures de ces dernières années dans les sciences du vivant a été de comprendre que l’Homme vivait en symbiose avec plusieurs communautés bactériennes appelées microbiote ou microflore. Il est désormais bien établi que ces communautés jouent un rôle essentiel dans la santé humaine.

Pour répondre à une demande croissante concernant d’une part l’étude des interactions entre ces flores bactériennes et leur environnement et d’autre part l’impact de ces microflores sur les fonctions biologiques, Biofortis a développé une offre complète de services incluant le séquençage nouvelle génération (NGS) autour de différentes thématiques santé : microbiote intestinal, microflore cutanée, microflore orale.

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La plate-forme microbiote de Biofortis fait partie d’une offre complète intégrant :

  • Recrutement des volontaires
  • Préparation et stockage des échantillons (biobanking)
  • Analyses de microbiologie
  • Analyses NGS de métagénomique ciblée
  • Typage de souche dont Whole Genome Sequencing (WGS)
  • Quantification des bactéries
  • Impact produit : médicaments, probiotiques, probiotiques, synbiotiques, nutrition médicale
  • Analyse biostatistique

Nos scientifiques en charge de la plate-forme sont dans une démarche d’amélioration continue et participent à ce titre à des programmes collaboratifs publique/privé et des programmes de recherche transnationaux.

Avec l’augmentation des maladies métaboliques et inflammatoires chronique, l’alimentation et son impact sur la santé sont devenus un sujet majeur. En parallèle se développe le concept de « nutrition personnalisée » tant les réponses individuelles sont variables à certains aliments ou traitement. Au-delà d’un déterminisme génétique, c’est le microbiome/microbiote intestinal qui joue un rôle central dans la santé humaine.

Un déséquilibre de ce microbiote peut en effet avoir des conséquences sévères sur la fonction digestive, le mécanisme inflammatoire et le système immunitaire. C’est la raison pour laquelle l’étude d’une maladie, le développement d’un produit ou d’une thérapie nécessite de prendre en compte le microbiote, notamment en terme de nutrition personnalisée.

Avec plus d’un millier d’articles scientifiques publiés chaque année dans le monde et la multiplication des projets sur le microbiote humain, l’étude du microbiote intestinal est l’un des champs d’investigation en santé les plus prometteurs des dernières années, en particulier grâce au progrès des méthodes d’investigation. 

Notre peau est placée sous la protection de microorganismes, appelés (micro)flore cutanée, qui agissent contre les pathogènes et contribue à maintenir son intégrité.

Une modification de l’équilibre de la flore cutanée peut avoir un impact sur la santé et peut conduire à des désordres cutanées (peau sèche, peau grasse, vieillissement) voire à la pathologie (dermatite, acné).

Pour cette raison les nouvelles générations de produits visent à consolider voire à améliorer cette protection naturelle qui peut être impactée par nos habitudes de vie (alimentation, tabac, produit cosmétique) et les agressions extérieures (pollution, UV). 

  • Traitement des données de séquençage NGS
  • Contrôle Qualité des reads
  • Assignement taxonomique 
  • Clustering

En tenant compte des similarités physiologiques entre l’animal et l’Homme, de nombreux modèles animaux, en particulier porcins et murins, sont aujourd’hui utilisés dans la recherche sur le microbiote.

Ces dernières années, Biofortis a été sollicité pour apporter son expertise dans des projets visant à évaluer le rôle et le fonctionnement du microbiote dans différents projets précliniques tels que :

  • Impact d’une alimentation spécifique sur le microbiote intestinal
  • Evaluation préclinique de traitement alternatif à l’antibiothérapie
  • Effet de chimiothérapies sur le microbiote de modèles PDX
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imodi_logo-hd-cmjn.png, by Alexia

Biofortis Mérieux NutriSciences est un acteur singulier du projet IMODI qui apporte au consortium son expérience en gestion d’essai clinique et son expertise scientifique dans la recherche sur le microbiote.

Le 1er objectif est de coordonner l’étude clinique sur 7 centres français de recherche contre le cancer afin d’inclure des patients souffrants des cancers du sein, de l’ovaire, du foie et de la prostate. Une collection d’échantillons biologiques (selles et sang) associée aux données médicales du patient est ainsi créée et mise à disposition de la communauté scientifique.

Le 2nd rôle de Biofortis est d’explorer la relation entre le microbiote intestinal et le cancer, et d’identifier l’impact des traitements pharmacologiques sur le microbiote  des patients et des modèles PDX. Cette étude longitudinale sur le microbiote est réalisée avant et après chimiothérapie.

Ce projet a pour but de mieux comprendre les rôles du microbiote dans la cancérogenèse et dans la réponse au traitement. Cette approche permettra également de participer au développement de chimiothérapie ayant moins d’effets secondaires pour le patient.

En savoir plus 

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