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27 Mars 2019
|   MARKET NEWS
L’utilisation du séquençage du génome entier (WGS) dans le cadre de la recherche de sources de contamination sur les process de fabrication

Le WGS est une solution analytique qui transforme grandement le domaine de l’investigation des souches contaminantes des environnements de production agroalimentaires. Les acteurs industriels intègrent de plus en plus ces techniques pour identifier parfaitement les sources de contamination en parallèle de leur plan de contrôle analytique avec des méthodes traditionnelles.

Les dernières situations de contamination qui ont concerné des industriels agroalimentaires ont mis en évidence la présence de souches persistantes dans l’environnement de production. Sur l’épisode qui a concerné un industriel hongrois et des productions de maïs surgelé en 2018 entraînant 37 cas humains sur 5 pays, il a été possible de remonter jusqu’en 2015 à un cas de listeriose avec la même souche.

Dans ces contextes, les autorités considèrent que ces phénomènes de souches persistantes sont révélateurs d’une démarche HACCP non robuste.

Les évolutions législatives concernant les notions de déclaration de résultats positifs sur les contrôles d’environnement dans des contextes définis vont conduire les industriels à revoir la gestion de leur plan de contrôle d’environnement :
■ Définition d’un zoning cohérent
■ Intégration du typage des souches dans leur budget analytique
■ Gestion des résultats dans le nouveau contexte de notification

Ainsi un industriel qui réaliserait 1200 analyses d’un pathogène avec une prévalence de 3% en résultat positif, prévoirait un typage de 36 souches maximum dans son budget analytique.

Des outils analytiques performants comme le WGS (whole géenome sequencing) sont disponibles aujourd’hui pour différencier les souches entre elles et permettre d’identifier celles qui s’installent durablement dans l’environnement de la manière la plus fine possible. Le séquençage du génome entier (WGS) fournit l’aperçu le plus complet d’une souche bactérienne.

Le séquençage du génome entier (WGS) détermine la séquence d’ADN complète d’un organisme et peut fournir des détails complets sur les organismes : gènes, facteurs de virulence, gènes de résistance. Le séquençage des génomes comme l’analyse WGS examine les différences au niveau des bases nucléotidiques de l’ADN pour déterminer ce qui est différent entre les souches de la même espèce ou du même genre.

Cette solution analytique s’inscrit fortement dans la résolution de problématique de persistance de souche ou de contamination récurrente des produits. Son pouvoir résolutif permet de manière inégalée de relier ou de distinguer différents isolats entre eux. Cette méthode constitue donc une approche précieuse dans le cadre de contamination de produits dont la source est difficile à confirmer.

Notre centre d’expertise Food Science Center France et nos solutions Whole Genome Sequencing (WGS) nous permettent de vous accompagner pour une solution globale :
■ Mise à disposition de solutions adaptées pour l’envoi de vos souches sur notre laboratoire de Nantes.
■ Comparaison des souches provenant de lieux de prélèvement différents de votre environnement de production,
■ Comparaison des isolats environnementaux, des isolats d’ingrédients, de produits finis,
■ Et donc identification des niches microbiennes pour maîtriser la sécurité alimentaire.

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