La secuenciación completa del genoma (WGS) ofrece la información más completa de una cepa bacteriana. El genoma puede analizarse utilizando diferentes técnicas WGS de identificación, como los polimorfismos de nucleótido único (SNPs/wgSNP, por sus siglas en inglés) o la tipificación de secuenciación de todo el genoma MultiLocus (wgMLST, por sus siglas en inglés) para identificar el viruloma, el resistoma y el antibioresistoma

Mérieux NutriSciences - WGS analysis

wgMLST utiliza datos WGS (ensamblados o no) para completar el análisis MLST a una escala muy amplia del genoma. Para cada muestra se analiza la presencia de locus y, en su caso, se determinan las variantes alélicas. Para cada locus, se asignan nuevos números consecutivos de alelos a nuevas secuencias. wgMLST está siendo recomendado progresivamente para propósitos de subtipado en cualquier nivel taxonómico. Los datos de escritura de secuencia MultiLocus proporcionan un poder discriminatorio casi absoluto para diferenciar cepas bacterianas aisladas.

Los procesos bioinformáticos del wgSNP detectan variantes de SNP mediante el mapeo de las lecturas del WGS a una secuencia de referencia. También se ha demostrado que este enfoque es adecuado para el genotipado de cepas bacterianas y la tipificación de cepas.

Además, el WGS daría la oportunidad, a partir de datos genómicos alcanzables, de predecir el conjunto de genes que contribuyen a la virulencia de una bacteria, incluso en el caso de mapas de bacterias resistentes y antibioresistómicas.

El WGS bacteriano es muy prometedor para mejorar el diagnóstico de patógenos, así como la exploración de cepas industriales, agrícolas y ambientales. Una variedad de aplicaciones incluyendo la genómica comparativa (es decir, diferenciaciones entre cepas, tipificación de cepas) pueden ser evaluadas a través de WGS.

El WGS ha transformado enormemente el campo de la epidemiología y es particularmente útil para investigar brotes de enfermedades transmitidas por alimentos. El WGS permite diferenciar entre cepas de patógenos transmitidos por alimentos responsables o no de brotes alimentarios mediante la comparación de sus genomas microbianos. Se ha confirmado que la tipificación de cepas de patógenos transmitidos por alimentos por WGS proporciona una resolución superior a los métodos de subtipado existentes, como la electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE). En la actualidad, la FDA y los CDC de los Estados Unidos utilizan el WGS como método para caracterizar alimentos y aislados clínicos de Salmonella y Listeria monocytogenes.

Las cadenas agroalimentarias están cada vez más interesadas en estas técnicas para identificar perfectamente la fuente de contaminación y evaluar los riesgos asociados a las bacterias contaminantes.

De la cepa aislada al informe final 

Merieux Nutrisciences wg whole genom sequencing secuenciaón genómica es

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Las normas de calidad aplicadas a los servicios de secuenciación se ajustan plenamente a las normas ISO 9001 y a las recomendaciones de los expertos profesionales.

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