Identificar las fuentes potenciales de contaminación microbiana es clave para prevenir su propagación en el ambiente de procesado de alimentos. Mérieux NutriSciences ofrece la secuenciación de ADN como una forma de identificar organismos desconocidos tanto patógenos como responsables del deterioro de alimentos. 

Mérieux NutriSciences - Contract Research - Microbial identification- Identificación microbiana - Identificació microbiana

Los servicios de identificación microbiana de Mérieux NutriSciences le pondrán nombre a los microorganismos que sean de su interés. Ello puede ser una gran ayuda para la gestión de los mismos, desvelando la identidad de los organismos responsables de deterioros.

Identificación microbiana por 16S rRNA

Un método común para identificar cepas bacterianas es analizar la secuencia del gen que codifica el ARN ribosomal 16S (16S rRNA). La secuenciación del gen 16S rRNA es una herramienta estándar para estudios filogenéticos y taxonómicos bacterianos debido a la conservación de este gen entre diferentes especies de bacterias.

El servicio basado en secuenciación de rDNA MicroSEQ® 500 bp 16S permite la amplificación y secuenciación de 500 pares de bases del gen 16S rRNA, que luego pueden compararse con la biblioteca MicroSEQ® 16S rDNA 500 para obtener una coincidencia de identidad.

La biblioteca validada de MicroSEQ® 16S rDNA contiene más de 2000 especies bacterianas.

Desde 2017, está disponible una nueva biblioteca bacteriana validada “in silico” (por computadora o via simulación computacional) con más de 10.000 especies.

Identificación de levaduras y mohos por la región ITS2 

La secuenciación de la región ITS2 tiene el mismo gran potencial para la identificación de levaduras y varios de los hongos filamentosos, incluyendo varias especies de Aspergillus, Zygomycetos y dermatofitos.

MicroSEQ™ El servicio de Secuenciación de Hongos D2 rDNA se basa en el análisis filogenético de la región D2 de la secuencia génica del ARN ribosomal de subunidades grandes. La biblioteca de hongos D2 rDNA validada en MicroSeq™ contiene más de 1200 especies.

Para los servicios de identificación de bacterias y hongos, las bibliotecas personalizables ofrecen la flexibilidad de crear bibliotecas específicas que contienen los microorganismos que se encuentran con mayor frecuencia en las matrices de muestras y en el entorno de producción de alimentos.

Identificación MALDI-TOF

Mérieux NutriSciences también ofrece la identificación bacteriana mediante la ionización MALDI (desorción/ionización mediante láser asistida por Matriz), acoplada a un analizador TOF (tiempo de vuelo) (MALDI-TOF), una alternativa proteotípica altamente precisa, robusta y rápida a nuestros servicios de secuenciación de ADN. La tecnología MALDI-TOF MS mide proteínas muy abundantes que se encuentran en todas las bacterias. Estos perfiles de proteínas se utilizan para identificar de forma fiable y precisa un microorganismo particular hasta el nivel de especie, haciendo coincidir el patrón respectivo con una extensa base de datos abierta.

Mérieux NutriSciences proporciona una identificación completa por MALDI-TOF utilizando dos sistemas. La base de datos Bruker Daltonics-Biotyper contiene más de 2.600 especies diferentes, incluyendo más de 2.000 especies bacterianas y la base de datos Vitek-MS-Saramis de Biomérieux contiene más de 770 especies diferentes, incluyendo 465 especies bacterianas.

También existe la posibilidad de crear librerías personalizadas.

Subtipado molecular

Nuestro análisis de subtipado molecular para la búsqueda del origen de contaminaciones microbianas patógenas puede ser utilizado para ayudar a identificar áreas problemáticas en la planta de elaboración. Mérieux NutriSciences ofrece el análisis RiboPrinter para sus necesidades de diferenciación de cepas (Desde otoño del 2017). El sistema RiboPrinter® es un sistema de ribotipado automatizado que genera un patrón RiboPrint™ a partir del ADN ribosómico (16S, 23S, 5S y regiones adyacentes) del genoma. Una ventaja de esta tecnología es la capacidad de crear huellas dactilares microbianas sin identificación de especies para permitir la comparación de cepa a cepa. RiboPrinter®, combinado con la potencia del software BioNumerics de Applied Maths, proporciona una herramienta robusta para la distinción de subespecies.

WGS 

Para una caracterización completa de las cepas, Mérieux NutriSciences ofrece el análisis de secuenciación completa del genoma (WGS).

Merieux Nutrisciences WGS como funciona

 

La secuenciación completa del genoma (WGS) determina la secuencia completa de ADN de un organismo y puede proporcionar detalles completos sobre los organismos: genes, plásmidos, factores de virulencia, serotipo y genes de resistencia (por ejemplo, resistencia a antibióticos, resistencia a metales pesados, resistencia al estrés). La secuenciación de genoma, como el análisis WGS examina las diferencias a nivel de nucleótidos para determinar las diferencias entre cepas de la misma especie o género; esta información puede usarse para generar árboles filogenéticos y determinar las relaciones entre cepas (tipificación de cepas). Los genomas se pueden ensamblar en una secuenciación de novo, lo que proporciona una construcción imparcial del genoma. Con la secuencia completa del genoma de la bacteria, está disponible el nivel más profundo de caracterización de la cepa.

Nuestros servicios de identificación microbiana y de subtipado/tipado de cepas permiten:

  • Comparar cepas de diferentes ubicaciones de la planta
  • Comparar aislados ambientales o aislados de ingredientes con aislados de productos terminados.
  • Identificar nichos microbianos

Obtenga más información sobre nuestras soluciones específicas para la secuenciación completa del genoma (WGS)

 

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