A més de seqüenciar els genomes de microorganismes individuals relacionats amb aliments, la seqüenciació de nova generació (Next Generation Sequencing, NGS) pot utilitzar-se per estudiar comunitats microbianes mixtes en els aliments. Els recents avanços en la seqüenciació de l'ADN i la tecnologia analítica i bioinformàtica han permès als científics i investigadors utilitzar eficaçment aquestes eines meta-òmiques per estudiar els microbiomes en diversos ecosistemes microbians. L'anàlisi de diversitat microbiana utilitzant NGS es pot aplicar en una àmplia varietat de mostres d'aliments, de processos alimentaris i mostres mediambientals d'indústries alimentàries

Mérieux NutriSciences Metasequencing

Les matèries primeres i els éssers humans són reservoris de microorganismes que causen el deteriorament d'aliments, capaços de créixer i sobreviure en un ambient de processament. El flux del procés (materials, aire i humans), la neteja, la temperatura i la humitat s'utilitzen principalment per controlar les comunitats microbianes. En la majoria dels casos es desconeixen els orígens dels microorganismes patògens i dels responsables del deteriormaent d'aliments que es troben en aquestes plantes d'elaboració. Aquest creixent camp de la microbiologia ambiental dels aliments ha estat possible gràcies a la seqüenciació de l'ADN i a les grans tecnologies de dades. La seqüenciació d'ADN d'alt rendiment (HTS) ofereix una perspectiva de la dinàmica de la població mundial en les instal·lacions alimentàries com a ecosistemes microbians. Les aplicacions potencials d'aquesta tècnica estan limitades només per les poblacions de microorganismes que es poden trobar, la qual cosa la fa perfecta per a recerques de deteriorament, anàlisi de vida comercial (vida útil) i control ambiental. També proporcionarà més informació als fabricants d'aliments familiaritzats amb una simple tècnica clàssica de recompte.

El Metabarcoding, a través d'un enfocament de seqüenciació de la fàbrica d'aliments, permet una nova visió de l'ecologia global i el comportament dels microorganismes en la cadena alimentària. El metabarcoding d'ADN és la metaseqüenciació dirigida de marcadors genètics taxonòmicament informatius, que permet mesurar la biodiversitat de forma ràpida, barata, exhaustiva, repetida i verificable.

Els avantatges dels estudis d'anàlisis de diversitat microbiana (també coneguts com a perfils microbians, perfils 16S, metabarcoding o metagenòmica 16S) basats en NGS en comparació dels mètodes clàssics inclouen:

  • Identificació de milers de microorganismes en una sola anàlisi
  • Identificació de microorganismes no cultivables
  • Determinació de l'abundància relativa de microorganismes
  • Garbellat- Screening extremadament ràpid d'ecosistemes complexos
  • Millor comprensió i control de la flora microbiana
  • Minimització del deteriorament d'aliments mitjançant la millora de les pràctiques d'higiene en les instal·lacions de producció d'aliments.

La metaseqüenciació pot utilitzar-se per ressaltar les etapes de la cadena de producció o les àrees de la instal·lació de producció en les quals és necessari millorar les pràctiques d'higiene. A més, la metaseqüenciació selectiva 16S pot utilitzar-se per avaluar l'impacte de les mesures de conservació dels aliments en el creixement de bacteris responsables del deteriorament d'aliments. El metabarcoding pot ajudar a la selecció de mesures òptimes de conservació d'aliments.

Els mètodes metagenòmics són útils per avaluar la diversitat de la comunitat bacteriana i la seva dinàmica en tota una fàbrica d'elaboració d'aliments. La fàbrica d'aliments pot considerar-se com un ecosistema microbià intel·ligent (Smart Microbial Ecosystem of Food Factory: SMEFF) en el qual les comunitats microbianes o els punts crítics de contaminació poden ser identificats i monitorats contínuament. Això permet intervencions específiques en equips, dissenys de flux de treball i pràctiques d'higiene. En aquest nou concepte de SMEFF, es milloraria la qualitat i la vida útil dels productes finals. Es reduirien els productes de neteja perjudicials per al medi ambient, la qual cosa donaria lloc a una reducció dels costos de producció. A les fàbriques de processament d'aliments, el control rutinari de la microbiota condueix a pràctiques de producció més segures, eficients i sostenibles.

Merieux Nutrisciences metasequencing metasequenciacio com funciona

L'extracció d'Àcid Nucleic es realitza rutinàriament en els nostres laboratoris, donant suport als nostres clients directament des de la matèria primera.

  • Extracció d'ADN de mostres (s'adapten diferents protocols d'extracció d'ADN, depenent del material biològic de partida).
  • Construcció de la biblioteca metabardoing per als grups taxonòmics objectiu
  • Seqüenciació en el sistema Illumina® MiSeq
  • Anàlisi bioinformàtic de les dades de seqüenciació (el procés bioinformàtic inclou desmultiplexació i filtrat de qualitat, agrupació de lectures en OTUs i assignació i classificació de taxons en diversos nivells taxonòmics: regne, tall, classe, ordre, família i gènere, etc.).
  • Un informe científic detallat que inclou taules i gràfics que resumeixen la informació sobre les diferents mostres i un resum complet del mètode.

Les normes de qualitat aplicades als serveis de seqüenciació s'ajusten plenament a les normes ISO 9001 i a les recomanacions dels experts professionals.

La nostra xarxa de laboratoris experts Food Science Center (científics d'aliments, experts biomoleculars, bioinformàtics) dóna suport als seus projectes i assajos des del disseny de l'estudi fins a l'informe final. Tot s'adapta a les seves necessitats, des de la tècnica biomolecular específica fins a l'emmagatzematge de dades i processos bioinformàtics. Mérieux NutriSciences ofereix anàlisis expertes i recomanacions per afegir valor als complexos resultats de seqüenciació per a la seva aplicació pràctica i per millorar la qualitat i seguretat dels aliments.

 

També li pot interessar

DESITJA MÉS INFORMACIÓ?

Contacti amb nosaltres!

Latest News
25 de Novembre de 2021
Noticias Locales , Legislación y normas
  El Reglament 2073/2005 estableix que la Listèria monocitògena ha de romandre per sota de 100 ufc/g durant tota la vida comercial d'un aliment llest per al consum. Això és aplicable especialm...
25 de Novembre de 2021
Noticias Locales , Legislación y normas
  El Reglament 2073/2005 estableix que la Listèria monocitògena ha de romandre per sota de 100 ufc/g durant tota la vida comercial d'un aliment llest per al consum. Això és aplicable especialm...