Identificar les fonts potencials de contaminació microbiana és clau per prevenir la seva propagació en l'ambient de processament d'aliments. Mérieux NutriSciences ofereix la seqüenciació d'ADN com una forma d'identificar organismes desconeguts tant patògens com responsables del deteriorament d'aliments.

Mérieux NutriSciences - Contract Research - Microbial identification- Identificación microbiana - Identificació microbiana

Els serveis d'identificació microbiana de Mérieux NutriSciences li posaran nom als microorganismes que siguin del seu interès. Això pot ser una gran ajuda per a la gestió d'aquests, desvetllant la identitat dels organismes responsables de deterioraments.

Identificació microbiana per 16S rRNA

Un mètode comú per identificar soques bacterianes és analitzar la seqüència del gen que codifica l'ARN ribosomal 16S (16S rRNA). La seqüenciació del gen 16S rRNA és una eina estàndard per a estudis filogenètics i taxonòmics bacterians a causa de la conservació d'aquest gen entre diferents espècies de bacteris.

El servei basat en seqüenciació de rDNA MicroSEQ® 500 bp 16S permet l'amplificació i seqüenciació de 500 parells de bases del gen 16S rRNA, que després poden comparar-se amb la biblioteca MicroSEQ® 16S rDNA 500 per obtenir una coincidència d'identitat.

La biblioteca validada de MicroSEQ® 16S rDNA conté més de 2000 espècies bacterianes.

Des de 2017, està disponible una nova biblioteca bacteriana validada "in silico" (per computadora o via simulació computacional) amb més de 10.000 espècies.

Identificació de llevats i floridures per la regió ITS2 

La seqüenciació de la regió ITS2 té el mateix gran potencial per a la identificació de llevats i varis dels fongs filamentosos, incloent-hi diverses espècies d' Aspergillus, Zigomicets i dermatòfits.

MicroSEQ™ El servei de Seqüenciació de Fongs D2 rDNA es basa en l'anàlisi filogenètica de la regió D2 de la seqüència gènica de l'ARN ribosomal de subunitats grans. La biblioteca de fongs D2 rDNA validada en MicroSeq™ conté més de 1200 espècies.

Per als serveis d'identificació de bacteris i fongs, les biblioteques personalitzables ofereixen la flexibilitat de crear biblioteques específiques que contenen els microorganismes que es troben amb major freqüència en les matrius de mostres i a l'entorn de producció d'aliments.

Identificació MALDI-*TOF 

Mérieux NutriSciences també ofereix la identificació bacteriana mitjançant la ionització MALDI (desorció/ionització mitjançant làser assistida per Matriu), acoblada a un analitzador TOF (temps de vol) (MALDI-*TOF), una alternativa proteotípica altament precisa, robusta i ràpida als nostres serveis de seqüenciació d'ADN. La tecnologia MALDI-*TOF MS mesura proteïnes molt abundants que es troben en tots els bacteris. Aquests perfils de proteïnes s'utilitzen per identificar de forma fiable i precisa un microorganisme particular fins al nivell d'espècie, fent coincidir el patró respectiu amb una extensa base de dades oberta.

Mérieux NutriSciences proporciona una identificació completa per MALDI-*TOF utilitzant dos sistemes. La base de dades Bruker Daltonics-*Biotyper conté més de 2.600 espècies diferents, incloent-hi més de 2.000 espècies bacterianes i la base de dades Vitek-MS-*Saramis de Biomérieux conté més de 770 espècies diferents, incloent-hi 465 espècies bacterianes.

També existeix la possibilitat de crear llibreries personalitzades.

Subtipat molecular 

La nostra anàlisi de subtipat molecular per a la cerca de l'origen de contaminacions microbianes patògenes pot ser utilitzat per ajudar a identificar àrees problemàtiques en la planta d'elaboració. Mérieux NutriSciences ofereix l'anàlisi RiboPrinter per a les seves necessitats de diferenciació de soques (Des de tardor del 2017). El sistema RiboPrinter® és un sistema de ribotipat automatitzat que genera un patró RiboPrint™ a partir de l'ADN ribosòmic (16S, 23S, 5S i regions adjacents) del genoma. Un avantatge d'aquesta tecnologia és la capacitat de crear empremtes dactilars microbianes sense identificació d'espècies per permetre la comparació de cep a cep. RiboPrinter®, combinat amb la potència del programari BioNumerics de Applied Maths, proporciona una eina robusta per a la distinció de subespècies.

WGS 

Per a una caracterització completa de les soques, Mérieux NutriSciences ofereix l'anàlisi de seqüenciació completa del genoma (WGS).

Merieux Nutrisciences WGS com funciona

 

La seqüenciació completa del genoma (WGS) determina la seqüència completa d'ADN d'un organisme i pot proporcionar detalls complets sobre els organismes: gens, plasmidis, factors de virulència, serotip i gens de resistència (per exemple, resistència a antibiòtics, resistència a metalls pesants, resistència a l'estrès). La seqüenciació de genoma, com l'anàlisi WGS examina les diferències pel que fa a nucleòtids per determinar les diferències entre soques de la mateixa espècie o gènere; aquesta informació pot usar-se per generar arbres filogenètics i determinar les relacions entre soques (tipificació de soques). Els genomes es poden assemblar en una seqüenciació de novo, la qual cosa proporciona una construcció imparcial del genoma. Amb la seqüència completa del genoma del bacteri, està disponible el nivell més profund de caracterització de .

Els nostres serveis d'identificació microbiana i de subtipat/*tipat de soques permeten:

  • ​Comparar soques de diferents ubicacions de la planta
  • Comparar aïllats ambientals o aïllats d'ingredients amb aïllats de productes acabats.
  • Identificar nínxols microbians

Obtingui més informació sobre les nostres solucions específiques per a la seqüenciació completa del genoma (WGS)

 

 

També li pot interessar